世界遺産に登録された植物園は、植物学者フェデリコ・ボナフェーデが構想し、建築家のアンドレア・モロニが設計した。1545年5月29日にヴェネツィア共和国議会により設立が許可された。ジュスティーナ修道院の一部を植物園することで同年7月7日に開園した。これは研究目的の大学付属施設の植物園としては世界で最も古いと言われている。
敷地の面積は2.19ha。植物園内には創設当時の設計による庭園が残る。庭園は円形を基調とし、主に4つのエリアで区切られている。
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植物園内最古の植物は、1585年に植えられたヤシの木である。ゲーテが1786年にこの植物園を訪れた時に、このヤシの木を見て独自の自然観を得たとも伝わっている。現在ではゲーテのヤシとも呼ばれている。
さらに、この植物園では、ヒマワリの花を、ヨーロッパで最初に開花させることに成功、イタリアで初めてジャガイモの栽培も行われた。